轩辕广场北，是一条蜿蜒的河流——沮河，沮河古称“姬水”，轩辕黄帝因“长于姬水”而姓姬。又传说这条河原名“祖河”，当黄帝被召要“御龙飞升”回天宫时，群臣先民依依不舍，眼泪哗哗地从桥山之巅淌流下来，全部流入了“祖河”。郦道元在写《水经注》时，考虑到“祖河”既然是黄帝先民眼泪形成的，不如改为“泪河”，再后来，为了让该河的名字既能代表先民们的眼泪，又能代表“祖河”，就将河名改成了“沮河”。桥山与印台山之间的这段沮河，因在印台山下，故又称为“印池”，其寓意为黄帝用印之水。传说黄帝总在此淘洗玉玺大印，对面即为黄帝置印的印台山。印池占地300余亩，水域面积约为20万平方米，总蓄水量46万立方米，再现出“沮水秋风”、“桥山夜月”的自然景观，也使黄帝陵山环水绕。
轩辕庙山门内西侧有一棵高大的古柏，即著名的“黄帝手植柏”，距今已有5000余年，相传此树为轩辕黄帝所植，故称“黄帝手植柏”，又称“轩辕柏”。柏树枝干苍劲挺拔，树叶青翠，主干略向南倾斜。树高19米，胸径11米，其冠如盖，其势巍峨。《国书集成》记载：“中部县有轩辕柏，在轩辕庙。考之杂记，乃黄帝手植物，围二丈四尺，高可凌霄。”树旁有一碑楼，内嵌石碑一块，上书：“此柏高五十八市尺，下围三十一市尺，中围十九市尺，上围六市尺，为群柏之冠。”黄帝手植柏是中国现存最古老的柏树，1982年，英国林业专家罗皮尔考察了27个国家的柏树后，认为唯有黄帝手植柏最粗壮、最古老，称赞它是“世界柏树之父” 。1998年12月9日，“中华名树公选养护委员会”将黄帝手植柏评为中华百棵名树之首，世人誉之为“世界柏树之冠”。
轩辕庙人文初祖大殿是祭祀轩辕黄帝的正殿，也是整个庙院的主体建筑，坐落在庙院中心。重建于明朝，1959年曾做过一次较大规模的重修。人文初祖大殿占地282平方米，面阔七间，进深三间。大殿屋顶为歇山顶，雕透花脊，屋面由灰布板与筒瓦相扣覆盖，檐部施勾头滴水，前檐及其他三面均有斗拱。前檐当间建有六扇隔扇门，次间、稍间则各有四扇隔扇门。檐下的栏额、平板枋为和玺彩绘、斗拱彩绘，两侧与两侧背面、内梁等处的彩绘，均精致华丽。正殿门楣上悬挂有原国民党爱国将领程潜于中华民国二十七年(1938年)夏祭陵时所题“人文初祖”大匾，字体铁画银勾，刚中藏秀。
祭祀广场北端，在总高6米的三层石台上，巍巍矗立着轩辕殿。功能性设施都建在隐蔽处，环境得以净化。殿区内不设其他楼阁廊榭，凭借山川地貌与植被构成的大环境，体现出“大象无形”的境界。大殿檐下正中悬挂着著名书法家黄苗子先生书写的隶体“轩辕殿”匾额。轩辕殿建筑面积1700平方米，由36 根高3 . 8 米的圆形石柱围合成40 米X40米的长方形空间，柱间无墙，上履巨型覆斗屋顶，体现了“黄帝明堂”风貌，是庙区最具特色的标志性建筑，沉长的屋檐、硕大的斗拱、简洁而古朴的屋脊，使整座建筑显得宏伟而庄严，具有古汉风格。屋顶中央有直径14 米的圆形天光。蓝天、白云、阳光直接映入殿内，整个空间显得恢宏神圣而通透明朗。殿内地面采用青、红、白、黑、黄五色花岗石铺砌，隐喻传统约“五色土”，以象征黄帝恩泽祖国大地。整个轩辕殿设计取“天圆地方”之意，承天接地，沐阳光雨露，象征着中华远祖质朴的宇宙理念。黄帝石刻像伫立在殿内上方。
